Introducción: la gastrosquisis congénita (GC) es una patología con creciente demanda asistencial. Atentos a esto, en el Centro Hospitalario Pereira Rossell (CHPR) se implementó un protocolo de cuidados llevado adelante por un equipo multidisciplinario. En este trabajo nos proponemos evaluar el impacto en la sobrevida y morbilidad a partir de su aplicación. Material y método: estudio comparativo tipo antes y después de pacientes portadores de GC (n = 47), 29 de una cohorte histórica (GH) y 18 de una cohorte posaplicación de protocolo (GP). Con edad gestacional ≥ 36 semanas y peso al nacer ≥ 2500 g, asistidos en el CHPR entre los años 2016 y 2021. Resultados: no se observaron diferencias perinatales entre ambos grupos, ni en la incidencia de GQ complicadas. En el GP se observó mayor incidencia de cierre abdominal precoz (p < 0,01), menor necesidad de realización de silo quirúrgico (p < 0,01), menor tiempo de administración de ventilación mecánica (p = 0,03), de uso total de opioides (p < 0,01), de administración de nutrición parenteral (p = 0,03), e inicio más temprano de la alimentación enteral (p = 0,03). Sin diferencias en la sobrevida al egreso hospitalario. Conclusiones: la aplicación de un protocolo estandarizado se asoció a una reducción significativa en el tiempo de cierre abdominal, de ventilación mecánica, nutrición parenteral y de opioides, con inicio más precoz de la nutrición enteral.