La intensificación de los sistemas agrícolas para atender la creciente demanda mundial de alimentos y energía incrementa la presión sobre los recursos naturales, planteando el desafío global de aportar soluciones y herramientas para el diseño de sistemas productivos sostenibles. En Uruguay la superficie agrícola registró un aumento importante en las últimas décadas a expensas del área dedicada a pasturas, mientras que la soja aumentó su frecuencia en las rotaciones, cuestionando la sostenibilidad de los sistemas. Las políticas nacionales acompañaron este proceso de intensificación, exigiendo la presentación de planes de uso y manejo responsable de suelos (PUMS), enfocados al control de la erosión. Sin embargo, estos planes no consideran explícitamente el balance de carbono (C) y nitrógeno (N) orgánico del suelo, ni las emisiones de gases de efecto invernadero (GEI). Al mismo tiempo, Uruguay ratificó acuerdos internacionales comprometiéndose a presentar reportes periódicos nacionales de las emisiones de GEI y existencias de C orgánico del suelo (Cs). Existe entonces la necesidad de profundizar y disponer de herramientas validadas para la estimación de estos balances a nivel nacional. En este proyecto se utilizó información de diferentes experimentos de largo plazo existentes en el país para profundizar en la calibración y validación local del modelo biofísico Cycles, evaluando los balances de C, N y GEI. Luego, se aplicó esta herramienta para casos de estudio seleccionados sobre chacras comerciales, considerando sus correspondientes PUMS. Conformando un equipo interinstitucional, los resultados de este proyecto contribuyen al desarrollo de herramientas para: i) la estimación cuantitativa de emisiones GEIs y Cs en sistemas de producción con intensidad variable en cuanto al uso y manejo del suelo; ii) dar apoyo a reporte de GEIs y Cs de compromisos asumidos internacionalmente; y iii) el soporte de la toma de decisiones y generación de políticas públicas de manejo y conservación de suelos.