La salud reproductiva bovina es un tema clave de investigación actual, siendo un rasgo multifactorial que puede verse afectado por factores no infecciosos e infecciosos. El estudio de la microbiota del tracto reproductor bovino ha sido tema de investigación en los últimos años debido a su potencial relación con el estado reproductivo. En el marco del proyecto ANII-FCE (FCE_1_2019_1_155852) nuestro grupo realizó la amplificación por PCR y secuenciación del fragmento V1-V2 del gen 16S de bacterias y arqueas de la región cérvico-vaginal de vaquillonas sanas, al momento de la inseminación artificial. Se encontró que si bien los animales estudiados no presentaban síntomas de enfermedades reproductivas, no todos respondieron de igual manera a la inseminación artificial. No se observaron cambios en la diversidad de la microbiota entre los grupos de vaquillonas preñadas y no preñadas pero sí cambios en la abundancia diferencial debido a los taxones menos abundantes. Basándonos en estos resultados, en el presente proyecto, nuestro objetivo fue realizar un análisis más profundo de la microbiota, con un enfoque de secuenciación por shotgun, y de su posible correlación estadística con el posterior éxito de la inseminación artificial. Las bibliotecas obtenidas se secuenciaron en un equipo Illumina Miseq. Se obtuvieron los datos de secuenciación de 24 muestras, 11 del grupo preñadas y 13 del grupo de no preñadas, con una media de lecturas de 14.070.680 reads por muestra. Se realizó un análisis preliminar de 6 muestras con el programa Genome Detective. Se observaron diferencias interindividuales pero no se encontró un patrón claro de diferenciación entre los dos grupos de vaquillonas. Se continuará con el análisis para realizar la clasificación taxonómica y funcional. Los resultados serán comparados con los obtenidos en el proyecto anterior para tratar de encontrar biomarcadores de preñez aportando información relevante en el contexto de Una Salud.