El género Microcystis (Cyanobacteria) es de gran interés dada su capacidad de formar floraciones en embalses y otros cuerpos de agua. Sus células poseen vesículas de gas que le permiten regular su flotabilidad. Numerosos estudios indican que el ultrasonido, aplicado a ciertas frecuencias y potencias, provoca el colapso de las vesículas de gas, aunque este efecto aún no se ha comprendido completamente. El objetivo de este trabajo fue determinar cuantitativamente el efecto que ejerce esta tecnología en las vesículas de gas y en la abundancia total de Microcystis spp. extraídas del Embalse San Roque, en Córdoba, Argentina. Para ello, se expusieron 20 L de muestra a 124 kHz y 20 W de tratamiento ultrasónico (T), y luego se analizó la abundancia celular y el colapso de las vesículas cuantificando su área y determinando su porcentaje relativo de las células sedimentadas por microscopía electrónica de transmisión. No hubo variaciones en la abundancia, y se produjo un 10 % de sedimentación para T, donde el porcentaje de vesículas de las células tuvo una disminución significativa. Los datos numéricos del colapso de vesículas aportan relevancia a este estudio, sin embargo, dado el bajo porcentaje de sedimentación, es importante seguir investigando los efectos del ultrasonido sobre la pérdida de flotabilidad de Microcystis spp. y su radio de acción.