Dentro de las características importantes de la materia orgánica, cuyo principal componente es el carbono orgánico, está su habilidad para formar complejos solubles e insolubles en agua con iones metálicos, interactuar con minerales arcillosos y aglomerar partículas, adsorber y desorber compuestos orgánicos tanto naturales como antropogénicos, absorber y liberar nutrientes de plantas y retener el agua en el suelo. La determinación del carbono orgánico total, es una parte esencial de cualquier caracterización de sitios, ya que su presencia o ausencia puede influenciar en gran medida la manera en que las sustancias químicas van a reaccionar en el suelo o sedimento [1]. Un método habitualmente utilizado para determinar materia orgánica, como aproximación al contenido de carbono orgánico total, es el de pérdida por ignición. Por otro lado se puede determinar el carbono orgánico total con un método más específico que implica la combustión de la muestra a alta temperatura y detección del dióxido de carbono generado por detector de absorción infrarrojo no dispersivo (NDIR). En este trabajo se realizó una comparación entre los resultados obtenidos por ambos métodos para muestras de sedimentos y suelos, utilizando muestras obtenidas en campo así como muestras con valor asignado por interlaboratorios.