El género Cryptosporidium se compone de protozoarios parásitos que infectan las células epiteliales del tracto gastrointestinal de una amplia variedad de vertebrados. Esta parasitosis puede ser adquirida por diferentes vías que incluyen el contacto directo con personas o animales infectados y la ingestión de alimentos o aguas contaminadas con el estadío ambiental de este microorganismo, el ooquiste. La significación sanitaria y ambiental de este parásito hace necesario para nuestro país implementar herramientas específicas, rápidas y robustas que permitan un estudio adecuado de su incidencia clínica y distribución ambiental (temporal y geográfica). En este trabajo se describe la implementación de métodos moleculares y de microscopía que contribuirán en su conjunto al conocimiento de la incidencia sanitaria y distribución ambiental de este protozoario, así como a mitigar el riesgo que Cryptosporidium sp. potencialmente representa en nuestro país.