RESUMEN.En este trabajo se evaluaron accesiones de frutos nativos de ?Arazá? (Psidium ­cattleianum), ?Guaviyú? (Myrcianthes pungens) y Guayabo del país? (Acca sellowiana) como parte de un programa de selección de variedades para obtener cultivares comerciales. El objetivo es ofrecer a los productores nuevas posibilidades de cultivos frutícolas locales y brindar a los consumidores alternativas alimenticias con reconocidas propiedades nutricionales y nutracéuticas. En diferentes genotipos de estos frutos se evaluó la calidad fisicoquímica, el contenido de compuestos fenólicos, vitamina C y antocianinas, y la relación con la actividad antioxidante total por DPPH y ORAC. Las metodologías para determinar compuestos bioactivos y capacidad antioxidante fueron validadas a escala de microvolúmenes, siguiendo principios de ?química verde?. El contenido de compuestos bioactivos difiere significativamente dependiendo de la especie y accesión (p ≤ 0,05). Los resultados encontrados confirman las propiedades nutricionales y capacidad antioxidante potencial de estos frutos. El efecto de variables agronómicas y ambientales en genotipos seleccionados debe investigarse para ajustar la tecnología de producción comercial.ABSTRACT.Accessions of native fruits from ?Arazá? (Psidium cattleianum), ?Guaviyú? (Myrcianthes pungens) and ?Guayabo del país? (Acca sellowiana) were evaluated as part of a selection program to obtain commercial cultivars, with the aim to offer the growers new possibilities of local fruit crops and provide the consumers with food alternatives with recognized nutritional and nutraceutical properties. The objective of this work was to evaluate the physicochemical quality, the total phenolic content, vitamin C and total anthocyanins, and the relationship with the total antioxidant activity by DPPH and ORAC for different fruit genotypes. The methodologies for the determination of bioactive compounds and antioxidant capacity were validated on a microvolume scale, following the principles of ?green chemistry?. The content of bioactive compounds differed significantly depending on the species and accession (p ≤ 0,05). The results obtained confirmed the nutritional properties and potential antioxidant capacity of the native fruits. The effect of agronomic and environmental variables on selected genotypes should be investigated to adjust commercial production technology in order to exploit the nutraceutical characteristics found.