Los grandes ríos de la cuenca del Plata, en su sentido latitudinal, actúan como corredores biológicos, permitiendo la expansión de especies desde regiones tropicales hacia zonas templadas. En el caso del carpincho (Hydrochoerus hydrochaeris), un roedor semiacuático de gran porte, se ha propuesto que los grandes cuerpos de agua presentes en la región Chaco-Pampeana han actuado como corredores, permitiendo su expansión hacia el sur. Sin embargo, aún no se comprende claramente el rol de la red hidrográfica en la estructura genética, así como el efecto de las variaciones climáticas desde el Pleistoceno tardío hasta el presente. La Pampa experimentó condiciones de gran aridez durante la última glaciación, seguidas de climas más benignos en los últimos milenios, lo cual puede haber influido en la estructura genética y en la temporalidad de su expansión. El objetivo de este trabajo fue reconstruir la biogeografía histórica del carpincho en el sur de su distribución, específicamente en la Pampa. Para ello, se analizó un fragmento de 498 pb de la región control del ADN mitocondrial y 6 loci de microsatélites provenientes de distintas localidades de Uruguay y Argentina. También se realizaron modelos de favorabilidad ambiental para evaluar los cambios en la disponibilidad de áreas favorables para la especie desde el Pleistoceno tardío hasta la actualidad. Los resultados del análisis de la región control mostraron una diferenciación genética moderada entre las poblaciones de Uruguay y Argentina, mientras que los microsatélites sugieren la existencia de una única población. En Uruguay, los haplotipos mitocondriales presentaron una red en forma de estrella, característica de una población que ha experimentado una expansión demográfica, mientras que en Argentina no se observó un patrón claro. Los modelos de distribución indicaron que las zonas más aptas se han mantenido en el este de la Pampa, con una tendencia gradual a la mejora tanto en Uruguay como en la Mesopotamia Argentina. El marcador mitocondrial sugiere que, en la Pampa, existen al menos dos grupos estrechamente relacionados, pero con cierta divergencia espacial en sentido este oeste. Esto podría ser atribuido a la configuración de la red hidrográfica y la ocupación de áreas que históricamente han sido “benignas” en materia de temperatura y precipitaciones. Respecto a los microsatélites, se podría sugerir una homogeneización reciente de las poblaciones. Es necesario realizar estimaciones precisas de la historia demográfica para corroborar si hubo un fenómeno de colonización diferencial, coherente con los pulsos de fauna intertropical en la región.