El objetivo de este estudio fue determinar la influencia del sitio y la dosis de inseminación sobre el transporte espermático y la respuesta inflamatoria uterina luego de la inseminación artificial (IA) con semen congelado equino. Se utilizaron 105 yeguas destinadas a faena, clínicamente normales, cíclicas, en celo y con citología endometrial negativa. Las yeguas fueron aleatoriamente inseminadas en el cuerpo del útero (Body) o en la punta del cuerno uterino ipsilateral al folículo dominante (Tip) con una pajuela - 50x106 (50) o con ocho pajuelas - 400x106 (400) de espermatozoides. Las yeguas del grupo control no fueron inseminadas. Las yeguas fueron humanitariamente sacrificadas a las 2, 4 y 12 h posteriores a la IA, conformando los siguientes grupos experimentales: Body 50 (2h, 4h y 12h); Tip 50 (2h, 4h y 12h); Body 400 (2h, 4h y 12h); Tip 400 (2h, 4h y 12h) y Control. Las tubas uterinas fueron separadas del útero y lavadas individualmente con 1 mL de solución salina fosfatada bufferada (PBS) para el contaje de espermatozoides en la cámara de Neubauer®. El útero se lavó con 50 mL de PBS para el posterior contaje de polimorfonucleares (PMNs) en cámara de Neubauer®. Los datos obtenidos fueron sometidos a un análisis de varianza (two-way ANOVA). Se consideraron como variables independientes el sitio, la dosis y el tiempo de inseminación; mientras que el número de espermatozoides y PMNs en los lavados fueron consideradas como variables dependientes. Se utilizó el método de comparaciones múltiples de Tukey-Kramer para las variables paramétricas y las pruebas de Wilcoxon y Kruskal-Wallis para analizar los datos no paramétricos. La IA profunda aceleró el transporte espermático y aumentó el número de espermatozoides que alcanzaron la tuba uterina, sin aumentar la reacción inflamatoria comparado con la IA en el cuerpo del útero. Cuanto mayor la dosis de inseminación mayor el número de espermatozoides que alcanzaron la trompa uterina, causando una respuesta inflamatoria más intensa, pero de resolución más rápida. La IA profunda, no causó mayor inflamación que la IA en el cuerpo del útero cuando se utilizó la dosis alta. Mientras que, con la dosis baja la IA profunda causó menor reacción inflamatoria que la IA en el cuerpo del útero. En conclusión, la dosis y el sitio de inseminación afectaron el transporte espermático, mientras que la reacción inflamatoria fue influenciada por la dosis, el sitio y el tiempo pos-inseminación. La IA profunda es una técnica segura para ser utilizada en la yegua siempre y cuando se realice de forma correcta.