Desde hace años se han implementado estrategias de remediación y restauración de los cuerpos de agua dulce con el fin de revertir los daños generados por las actividades humanas. Bajo este contexto, comprender la estructura y el funcionamiento de los ecosistemas acuáticos, así como las interacciones entre las comunidades y las respuestas que presentan frente a los cambios ambientales resulta fundamental para generar una mejor gestión y manejo de los recursos. En el presente trabajo se evaluó la estructura y la respuesta de la comunidad zooplanctónica frente a diferentes tratamientos de remediación de la eutrofización en un lago urbano de Canelones, Uruguay, caracterizado por un alto estado trófico. Para ello, se instalaron 12 mesocosmos con 4 tratamientos: Control (C): ausencia de tratamientos y presencia de peces; tratamiento Biológico (TB): ausencia de peces, y los tratamientos con los distintos productos químicos: Policloruro de Aluminio (PAC) + (Phoslock) (PP), y el tratamiento PPP (Peróxido de Hidrógeno + PP), ambos con peces. El experimento contempló tres eventos de muestreo, correspondientes a los momentos previo (LB) y posterior a la aplicación de los tratamientos (M1-M2). Se determinaron variables fisicoquímicas y biológicas in situ, y se identificaron los principales grupos taxonómicos de zooplancton bajo microscopio, a partir de lo cual se estimaron la riqueza, abundancia y biomasa de la comunidad. Se realizaron análisis de correlación no paramétrica y análisis multivariados. Los resultados mostraron diferencias entre eventos de muestreo y no entre tratamientos. La temperatura fue la variable ambiental que mejor explicó los cambios observados en la comunidad zooplanctónica. Sin embargo, otros mecanismos como la depredación de los peces pueden estar explicando la dominancia de tamaños pequeños del zooplancton como se observan en los tratamientos con presencia y ausencia de peces. La composición (palatabilidad) del fitoplancton filamentoso o colonial (cianobacterias) en todo el experimento indican la dificultad de pastoreo por parte del zooplancton de gran tamaño. Finalmente, los productos químicos no mostraron efectos sobre la comunidad. Se sugiere estudios que abarquen escalas temporales mayores para evaluar potenciales efectos sobre las distintas comunidades y el ambiente.