Se ha demostrado que los eventos climáticos a macro-escala como El Niño-Oscilación Sur (ENOS) ocasionan modificaciones en las condiciones meteorológicas e hidrológicas, promoviendo cambios físico-químicos en la columna de agua y en las comunidades bentónicas y pelágicas de zonas costeras y estuarinas en el Océano Atlántico. El Río de la Plata (RdlP) es uno de los principales estuarios de América del Sur, dónde el evento ENOS es una forzante ambiental a macroescala. Se analizó la composición de especies, abundancia, variación temporal y horizontal del mesozooplancton en la costa norte del RdlP durante el ENOS 2009-2010. Se recolectaron muestras de zooplancton mediante arrastres sub-superficiales en quince estaciones durante once fechas. Se midieron parámetros físico-químicos y biológicos de la columna de agua (temperatura, salinidad, concentración de oxígeno disuelto, turbidez, contenido de clorofila a) y se relacionaron con los caudales del RdlP. El holoplancton estuvo dominado por copépodos estuarinos (Acartia tonsa), cladóceros dulceacuícolas (ej.: Bosmina hagmanni, Ceriodaphnia dubia, Moina sp.) y en el meroplancton las larvas de cirrípedos fueron los organismos más abundantes. La variabilidad temporal se reflejó en diferencias en la abundancia e índices ecológicos entre ambas fases del ENOS. La abundancia de copépodos mostró asociación con los caudales del RdlP, negativos durante la fase El Niño y positivos durante La Niña-Neutral. Durante El Niño (noviembre 2009-abril 2010) se observó una mayor riqueza de cladóceros típicos de agua dulce, ocasionando una heterogeneidad horizontal en la zona de estudio. Durante La Niña-Neutral (septiembre 2010-enero 2011) el zooplancton presentó menor riqueza de especies y estuvo dominado por copépodos típicos del RdlP (Acartia tonsa). Mediante un Análisis de Correspondencia Canónica se determinó que la salinidad, caudal del RdlP y concentración de la clorofila a explicaron el 88.4% de la varianza total de la relación especie-ambiente. El trabajo presenta información inédita sobre la respuesta de organismos zooplanctónicos a eventos climáticos e hidrológicos en el estuario del RdlP.