La presencia de Escherichia coli productor de toxina Shiga (STEC) o genes stx en alimentos cárnicos genera pérdidas económicas en esta cadena productiva. Uruguay no cuenta con información sobre la prevalencia de STEC o genes stx a nivel de canales bovinas listas para procesar, ni sobre factores de la producción que pueden influir sobre la misma.El objetivo del trabajo fue conocer la prevalencia de genes stx y STEC en canales bovinas y sus variaciones.Entre agosto de 2018 y junio de 2020 se analizaron 800 medias canales. El muestreo fue aleatorio, estratificado y representativo de la faena nacional en cuanto al tipo de animal. Las medias canales se seleccionaron aleatoriamente. Las muestras fueron obtenidas mediante el pasaje de una esponja esteril por la totalidad de la media canal y luego fueron analizadas mediante RT-PCR, para identificar genes stx y eae ( eae codifica una proteína de membrana externa llamada intimina que permite la adhesión intima al enterocito). Sobre las muestras positivas para ambos genes se realizó RT- PCR para la detección de los genes rbf O157 y fliC H7 que codifican para O157 y H7. En aquellas positivas para ambos se realizó separación inmunomagnética para O157 y luego siembra en agar cromogénico y MacConkey sorbitol con telurito y cefixime. Las colonias sospechosas fueron aglutinadas con kit comercial para confirmar la presencia del antígeno O157. Todas las muestras positivas para genes stx se sembraron para obtener el mayor número de colonias aisladas. Hasta 50 colonias por muestra positiva fueron estudiadas por PCR para detectar los genes stx1/2 y eae. Las colonias sopechosas de STEC se congelaron a -80oC para estudios posteriores. Para analizar los resultados se realizaron pruebas de Chi2, test exacto de Fisher y regresión logística. La prevalencia de genes stx (solos o asociados a eae) fue del 22,4 % (IC 95%= 19,5- 25,3), mientras que la prevalencia de STEC fue del 18,5% (tomando como positivas aquellas muestras donde se logró obtener señal positiva en la zona de descarga para genes stx1, stx2) (IC95%=16-21). Solo en 2/800 se logró recuperar STEC O157:H7. Se determinó que época del sacrificio, tipo de faena y alimentación animal previa no están asociadas con la prevalencia de genes stx. La categoría animal, establecimiento de faena y presencia de pelos visibles se asociaron con mayor prevalencia de genes stx. En novillos y vaquillonas la prevalencia fue mayor que en el resto, representando un 43% y 34,4%, respectivamente. En frigoríficos de abasto la prevalencia de stx fue 6,7 veces mayor que en exportadores. El análisis multivariado mostró que las variables que inciden significativamente sobre la positividad para genes stx fueron: tipo de frigorífico (abasto), tipo de animal (vaquillona) y presencia de pelos visibles. El porcentaje de detección de genes stx (22,4%) fue similar al encontrado en plantas argentinas con normas HACCP. Una cifra similar (27%) fue reportada en establecimientos de exportación en Irlanda. Los resultados indican que sería aconsejable aplicar medidas de mitigación de la contaminación microbiana en establecimientos de abasto y validar las medidas declaradas en establecimientos exportadores.