La presencia de plaguicidas en los ecosistemas acuáticos representa uno de los impactos ambientales más importantes a escala global. Para estudiar los riesgos asociados de estos compuestos en los organismos y en el ambiente, se pueden utilizar bioensayos de toxicidad, así como también evaluaciones de riesgo ambiental (ERA). El presente estudio tuvo como objetivo evaluar espacial y temporalmente el riesgo ecotoxicológico de plaguicidas en agua superficial en la cuenca del río San Salvador (SS), como herramienta de diagnóstico ambiental. Mediante un monitoreo anual (mayo 2022, agosto 2022, noviembre 2022 y febrero 2023) en 13 sitios de la cuenca, se logró cuantificar la presencia de 41 plaguicidas con diversos modos de acción. Para evaluar el riesgo a largo plazo para la biota acuática en el sistema, se realizó una evaluación determinística con el método Coeficiente de riesgo RQ (Risk Quotient) basada en la especie más sensible y probabilística mediante el modelo de distribución de sensibilidad de especies SSD (Species Sensitivity Distribution), incorporando diferentes valores de sensibilidad toxicológica. Los valores de riesgo para el método RQ oscilaron entre 1,17e-4 (Simazina) y 267,5 (Lambda- Cialotrina), siendo los insecticidas organofosforados y piretroides los compuestos de mayor riesgo ecotoxicológico. Se encontraron valores más altos de riesgo en la zona alta de la cuenca y la variabilidad estacional determinó que mayo y febrero fueron los meses con los valores más altos de riesgo, asociado a los usos del suelo en la cuenca. Las limitaciones del método SDD determinaron que solamente se obtuvieron datos para nueve compuestos. Los herbicidas metolaclor y diuron, y el insecticida tiametoxam superaron los valores de concentración peligrosa para las especies (HC5%), determinado como punto para la protección del 95 % de las especies en el sistema.Se discuten las ventajas y desventajas de cada aproximación, siendo el método RQ el más aplicable, dado el tipo de monitoreo estacional llevado a cabo en la cuenca, que limita la cantidad de datos disponibles para las realizaciones de las curvas de sensibilidad. Sin embargo, ambas metodologías podrían utilizarse de forma complementaria. Frente a la cantidad y diversidad de plaguicidas y los altos valores de riesgo encontrados se recomienda que la normativa uruguaya incluya e impulse la generación de análisis de riesgos en el mediano o largo plazo a nivel nacional, así como también la incorporación de un marco regulatorio nacional para evaluar y mitigar los riesgos de plaguicidas en los ecosistemas acuáticos del país.