Las microsporidiosis intestinales son infecciones emergentes oportunistas causante de diarrea en inmunocompetentes e inmunodeprimidos, atribuibles principalmente a Enterocytozoon bieneusi y Encephalitozoon intestinalis. En general el diagnóstico de los mismos es complejo debido a su pequeño tamaño, existiendo múltiples técnicas específicas para la detección de este microorganismo. Teniendo como objetivo revisar y reseñar las diferentes técnicas utilizadas a nivel mundial, analizando su rendimiento y aplicabilidad en nuestro medio, se realizó una búsqueda bibliográfica en diferentes bases de datos online. Se seleccionaron 17 artículos que cumplían con los criterios de búsqueda definidos y a partir de los mismos se realizó una tabla analizando sus principales características. El rendimiento de las técnicas fue comparado en una segunda tabla con los datos de los artículos aportaban este tipo de información, principalmente contrastando valores de sensibilidad y especificidad. La mayoría de los artículos coincidía en que las técnicas de tinción como Tricrómica modificada de Weber son suficientes para el diagnóstico de microsporidiosis. También coinciden en la importancia de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) como método de identificación de especie, resaltando su utilidad en epidemiología y fundamentalmente en el tratamiento. Concluimos que el tener técnicos y profesionales capacitados en la utilización de métodos de tinción es suficiente para el diagnóstico. Mayor investigación respecto a aplicabilidad y costo beneficio del PCR podrían ser útiles a futuro en vistas a la importancia de la determinación de especie.