La microbiota humana es el conjunto de microorganismos en un área específica del organismo humano cuya composición, regulación y dinámica se encuentran individualizadas y compartimentalizadas. Una microbiota sana es diversa, equilibrada y funcional; mientras que su desequilibrio, denominado disbiosis, puede afectar al sistema inmunológico y asociarse a múltiples enfermedades como trastornos autoinmunes, cardiovasculares, metabólicos y gastrointestinales. La interacción de los fármacos con el microbioma se estudia a través de la “farmacomicrobiómica”. Ejemplos clásicos como antibióticos e inhibidores de la bomba de protones alteran la diversidad bacteriana y el pH intestinal, aumentando el riesgo de infección por Clostridioides difficile. A su vez, la microbiota puede modificar la farmacocinética y farmacodinamia de numerosos medicamentos, influyendo en su eficacia y toxicidad; entendiéndose entonces como una relación bidireccional. Así, la farmacomicrobiomica emerge como un nuevo paradigma que integra microbiota y terapéutica, aportando una fuente adicional de variabilidad interindividual y abriendo el camino hacia una farmacoterapia más personalizada.