El objetivo de este documento es analizar y comparar los procesos de integración por inversión extranjera directa (IED) del MERCOSUR y del TLCAN y el rol de Uruguay y México en el periodo 1990-2016. El análisis empírico se realiza mediante una nueva propuesta metodológica, elaborada en base a la metodología de análisis estructural y los índices sistémicos de integración comercial definidos por Prakas, Dietzenbacher y Basu (2007). La evidencia y los resultados sugieren que los bloques y los socios menores tuvieron diferentes trayectorias en sus procesos de integración. El MERCOSUR tuvo bajos niveles de integración aunque se incrementaron a lo largo del periodo, mientras que en el TLCAN la integración fue elevada, especialmente en algunos subperiodos. En este contexto, la integración de los socios menores tuvo grandes diferencias, siendo mucho más intensa en el caso de México que en el de Uruguay.