Independiente del número de estudiantes involucrados en la investigación, durante sus estudios universitarios, los desafı́os para realizar investigación hacen que muy pocos escojan la carrera de investigador a futuro. Objetivo: Analizar los desafı́os y oportunidades que perciben los estudiantes de Odontologı́a al momento de desarrollar una investigación cientı́fica. Métodos: Estudio transversal que incluyó a 112 estudiantes tesistas que culminaron su trabajo de fin de grado en la Facultad de Odontologı́a (Universidad Nacional Mayor de San Marcos. Lima-Perú). Se midió la percepción de los desafı́os y oportunidad al culminar su estudio a través de una escala que valoró las categorı́as de: instalaciones e infraestructura como apoyo, apoyo interpersonal y relaciones de la institución, escribir un informe y publicar los resultados de investigación, entre otras. Se analizaron las puntuaciones a través de promedios y un análisis de comparación. Resultados: La puntuación general fue de 2,45 ± 0,34, siendo las dimensiones “análisis de datos” (3,17 ± 0,41) y “experiencia de investigación general” (3,26 ± 0,39) las que presentaron un mayor promedio. Los varones presentaron mayores puntuaciones generales (2,43 ± 0,31), existiendo diferencias signi􀀟icativas en las dimensiones “diseño y selección de la investigación” (p = 0,001). Conclusión: Los desafı́os y oportunidades para la investigación se encuentran por debajo del promedio, los principales desafı́os se encontraron relacionados al apoyo institucional, la presen cia de laboratorios adecuados y un inadecuado diseño curricular para el fomento de la investigación; las principales oportunidades se encontraron en el análisis de datos y la experiencia investigativa en general.