La microbiota, compuesta principalmente por bacterias, cumple un rol clave en la salud de los mamíferos y en procesos fisiológicos como la absorción de nutrientes. Esta estructura puede ser modulada por factores distintos como la dieta, el ambiente y la filogenia. A pesar de la gran importancia de conocer la estructura microbiana, actualmente para mamíferos marinos la información a nivel global es limitada. En Uruguay, varias especies de mamíferos marinos varan en las costas, siendo Pontoporia blainvillei, Otaria flavescens y Arctocephalus australis las más frecuentes. Sin embargo, su composición microbiana aún es desconocida en el país. Este estudio busca caracterizar y comparar las microbiotas intestinales a nivel intraindividual, intraespecífico e interespecífico, aportando datos valiosos para la conservación y salud de estas especies, llenando vacíos de conocimiento regionales sobre microbiotas marinas. Para ello, se colectaron muestras de 3 secciones diferentes del intestino de 21 individuos de 7 especies de mamíferos marinos varados en las costas de Montevideo, Canelones, Maldonado y Rocha. Se realizó la extracción y purificación del ADN para obtener la composición microbiana a través de secuencias correspondientes a la región V3-V4 del gen 16S. Se analizaron los microbiomas mediante los paquetes DADA2 y Phyloseq en R, evaluando calidad, diversidad alfa y beta y la abundancia relativa. Posteriormente se compararon entre especies, secciones intestinales y hábitos alimentarios (costeros y pelágicos). Se aplicaron NMDS, PERMANOVA y DESeq2 para comparar diferencias en la composición y abundancia microbiana. Las comunidades bacterianas estuvieron dominadas por Firmicutes, Proteobacteria, Fusobacteriota y Bacteroidota, presentando diferencias entre especies e individuos. Así como también entre distintos grupos taxonómicos o hábitos tróficos. Además, se detectaron potenciales patógenos que sido asociados previamente a enfermedades en mamíferos marinos y humanos. En algunos casos coincidieron con individuos que presentaron mala condición corporal, sugiriendo una posible relación con su estado de salud. A nivel intraindividual, no se observaron diferencias, a excepción de A. australis que presentó una leve diferenciación en la composición de las secciones intestinales. Estos resultados constituyen una línea de base fundamental para futuras investigaciones sobre la salud, ecología y conservación de mamíferos marinos en Uruguay, resaltando la importancia del estudio del microbioma en contextos ambientales y sanitarios.