Uruguay cuenta con cuatro embalses para generación hidroeléctrica. Estos cuerpos de agua semilénticos se encuentran entre los más grandes del país y, además, tienen otros usos relevantes como el riego, la potabilización, la pesca artesanal y deportiva, la piscicultura, el abrevadero de ganado y la recreación. El aumento en el tiempo de residencia del agua, combinado con el creciente proceso de eutrofización antropogénica en los embalses hidroeléctricos, favorece la aparición de floraciones fitoplanctónicas. Estos eventos tienen consecuencias negativas para el ecosistema e interfieren con las actividades humanas. El embalse hidroeléctrico más grande de Uruguay, Rincón del Bonete, ha mostrado floraciones fitoplanctónicas frecuentes durante las últimas décadas. Este trabajo tiene como objetivo contribuir a una mejor gestión de la calidad del agua en el embalse Rincón del Bonete mediante el desarrollo de herramientas numéricas que ayuden a comprender la dinámica del sistema y a predecir su comportamiento futuro.