La selección de hábitat involucra mecanismos actuando a diferentes escalas espaciales, siendo esencial analizar los patrones de co-uso del espacio utilizando un enfoque multiescalar. En particular, las respuestas comportamentales a distintos estresores, como la presencia de especies exóticas invasoras (EEI) han recibido creciente atención. El objetivo del presente estudio fue identificar qué factores determinan la incidencia y uso del hábitat de un ciervo nativo, el guazubirá (Subulo gouazoubira), así como las interacciones temporales con dos EEI, el jabalí (Sus scrofa) y el ciervo axis (Axis axis), en áreas protegidas del este del país. Se utilizaron registros de fototrampeo (2019-2022) recolectados de cerca de 200 estaciones de fototrampeo (EFT) que se distribuyeron siguiendo un diseño agregado, conformando sistemas (SRA) de tres EFT, separados por 2 km (500 m entre EFT). Se modeló el uso del espacio del guazubirá a dos escalas: incidencia (SRA), y uso de microhábitats (EFT), usando modelos de ocupación multinivel para determinar el efecto de la cobertura del suelo, urbanización y actividad de perros, ganado y EEI. Se analizó también el solapamiento en los patrones de actividad diaria utilizando curvas de densidad de Kernel. Se estimó la actividad del guazubirá en SRA con y sin las dos EEI, y su sobreposición con las actividades de las EEI. A pequeña escala (EFT), el guazubirá evitó los períodos con mayor actividad de perros. Su incidencia respondió positivamente a la urbanización, pero prefirió microhábitats boscosos y evitó sitios con actividad ganadera o de ciervo axis. El guazubirá disminuyó su actividad nocturna-crepuscular e incrementó la diurna en presencia de axis, evitando el pico de actividad de éste, mientras que disminuyó la actividad entre medianoche y amanecer en presencia de jabalí.