Durante el proceso inflamatorio el organismo activa diversos mecanismos dirigidos a la resolución de la respuesta y al retorno de la homeostasis. En este contexto participan mediadores moleculares lipídicos que son producidos por vías enzimáticas (ciclooxigenasas (COX), lipoxigenasas (LOX), citocromos P450 (CYP450)), o no enzimáticas mediante reacciones radicalarias, cuyos niveles varían a lo largo de la respuesta inflamatoria, ejerciendo funciones pro o antiinflamatorias. Cuando no se alcanza la resolución de la respuesta inflamatoria, se puede generar un estado de inflamación crónica que se encuentra asociado al desarrollo de patologías crónicas no transmisibles como aterosclerosis, enfermedad del Alzheimer, insuficiencia cardíaca crónica, enfermedad de Parkinson, diabetes mellitus, enfermedad de hígado graso no alcohólico (EHGNA) y síndrome metabólico, entre otros. Existen distintos métodos para la detección y cuantificación de estos mediadores lipídicos en muestras biológicas, sin embargo la cantidad limitada de muestra biológica disponible representa una dificultad experimental. El objetivo de este trabajo fue optimizar una estrategia analítica para la determinación conjunta de oxilipinas y ácidos grasos nitrados, evaluando diferentes métodos de extracción en dos matrices de distinta complejidad: PBS y plasma. Los resultados indican que la eficiencia de la extracción depende fuertemente del tipo de matriz biológica utilizada y de los métodos experimentales empleados, no identificándose uno único que aplique a todas las condiciones. Matrices más simples, como el PBS permiten diferenciar variaciones de polaridad entre grupos de compuestos mediante el uso de diferentes solventes orgánicos, mientras que en muestras de plasma, de mayor complejidad, los métodos de purificación específicos como la extracción en fase sólida (SPE) resultan significativamente más eficientes.