Las pulgas son insectos pertenecientes al orden Siphonaptera de las que se reconocen más de 2575 especies distribuidas en 15 o 18 familias según diferentes autores. Son ápteras con cuerpo aplanado lateralmente y con el tercer par de patas muy desarrollado y adaptado para el salto. Los adultos son parásitos hematófagos de animales de sangre caliente (mamíferos y aves) y las larvas poseen aparato bucal masticador y se alimentan de detritos. En cuanto al desarrollo, su metamorfosis es holometábola, pasando por cuatro etapas: huevo, larva, pupa y adulto. Desde el punto de vista sanitario son importantes vectores de enfermedades de interés médico y veterinario. El objetivo de este estudio fue identificar morfológica y molecularmente las especies de pulgas presentes en perros rurales del noreste del Uruguay. Para ello se examinaron 180 perros en los departamentos de Artigas, Rivera y Tacuarembó y las pulgas obtenidas fueron clasificadas morfológicamente a nivel específico mediante el uso de claves taxonómicas. Además, se calcularon los siguientes índices poblacionales: prevalencia, intensidad y abundancia media. Para cada departamento y especie de pulga obtenida se seleccionaron un ejemplar macho y hembra a los que se les realizó la extracción de ADN y amplificó mediante PCR un fragmento parcial del gen citocromo c oxidasa subunidad I (cox1) a fin de obtener secuencias y realizar estudios filogenéticos. Como resultados se recolectaron 617 pulgas identificadas morfológicamente como Ctenocephalides felis, Ctenocephalides canis y Pulex irritans. Siendo C. felis la especie más prevalente (72,2%) y de mayor intensidad media (4,7) y abundancia media (3,4) en todos los departamentos. Para los análisis moleculares se seleccionaron 14 ejemplares abarcando las tres especies de pulgas, de los que se lograron amplificar 12 muestras para el gen cox1. Se obtuvieron fragmentos de entre 536 a 693 pares de bases, de los que nueve correspondían a pulgas (una secuencia de mala calidad) y tres a Wolbachia sp., una bacteria intracelular gramnegtiva considerada un endosimbionte de los artrópodos. La identidad de las secuencias obtenidas al ser comparadas con las depositadas en el GenBank demostró una alta similitud con C. felis (n=3), C. canis (n=1) y P. irritans (n=4), lo que confirmó la identificación morfológica preliminar de las especies. Mediante el análisis filogenético se determinó que la secuencia obtenida de C. canis forma un clado con un 100% de soporte con secuencias asignadas a esta especie de diferentes partes del mundo. Lo cual demuestra la monofilia asignada a C. canis por otros autores. Por otra parte, las secuencias de nuestras muestras de C. felis se integran con un soporte del 100% al denominado clado 4 del grupo tropical I junto a ejemplares de África y Norteamérica. Estos resultados difieren a los obtenidos para la región, donde se habían hallado hasta el momento los clados 1 y 6, siendo el 4 nuevo para América del Sur. En el caso de P. irritans, nuestras secuencias se agrupan con las de Europa y Asia y se separan del clado generado por secuencias de P. irritans provenientes de Argentina. Lo cual concuerda con otros estudios que indican que los ejemplares de Argentina difieren filogenéticamente con los de Europa y Asia, correspondiendo probablemente a una especie críptica. En este estudio se confirma la presencia de C. felis, C. canis y P. irritans en perros para el noreste de nuestro país, siendo el primero donde se determinan pulgas en base a la combinación de análisis morfológicos y moleculares.