El virus del distemper canino (CDV; Canine morbillivirus) y el parvovirus canino (CPV, Protoparvovirus carnivoran 1) tienen gran relevancia sanitaria en los perros domésticos y la fauna silvestre, con elevadas tasas de morbilidad y mortalidad. CDV provoca una enfermedad multisistémica y posee un amplio rango de hospederos carnívoros y no carnívoros. CPV ocasiona cuadros de enteritis hemorrágica y miocarditis aguda en cachorros y afecta a otras especies de carnívoros. Desarrollamos e implementamos un sistema de secuenciación masiva (targeted NGS) para la detección simultánea y la obtención masiva de genomas completos de CDV (‑ssRNA) y CPV (ssDNA) a partir de muestras clínicas. Esta aproximación integra en una única corrida de secuenciación, la confirmación diagnóstica y la caracterización genómica, optimizando tiempo y costo, y habilitando la vigilancia genómica en tiempo real. Aplicado a muestras de campo, el panel permitió detectar y caracterizar dos casos de coinfección CDV–CPV en cachorros sintomáticos que cohabitaban, aportando genomas completos de ambos virus, constituyendo el primer caso documentado en el Uruguay. Aunque no es posible establecer el orden de infección, algunos trabajos demuestran que tanto CDV como CPV ejercen un efecto inmunosupresor. De manera individual, ambos agentes pueden predisponer al desarrollo de infecciones concomitantes, lo que hace biológicamente plausible la coinfección observada. Reportes previos de coinfección CDV–CPV existen, pero son escasos y, en general, basados en genes parciales (p. ej., VP2 en CPV; N, H o región M–F en CDV) y/o hallazgos histopatológicos, subrayando el valor de la confirmación por genomas completos presentada aquí. La integración de diagnóstico y genómica mediante multiplex PCR–NGS fortalece la vigilancia de CDV y CPV, mejora la resolución para estudios filodinámicos y de diversidad (H en CDV; VP2 en CPV) y proporciona evidencia accionable para prevención y control en tiempo real.