El guayabo del país [Acca sellowiana (Berg.) Burret], es un promisorio frutal nativo, considerando las destacadas propiedades nutricionales de sus frutos. Su producción comercial se realiza principalmente en Colombia, Nueva Zelanda y Estados Unidos, siendo en Uruguay únicamente a escala local. En Uruguay, el Programa de Mejoramiento Genético del Guayabo del país (INIA-FAGRO) busca obtener selecciones con potencial comercial con calidad superior de fruta. Enmarcado en este programa, este trabajo evaluó la variabilidad fenotípica de caracteres que definen la calidad de fruta en dos poblaciones de mejoramiento. Además, fueron evaluados y comparados dos índices de selección como herramientas para la identificación de individuos superiores. Se caracterizaron dos poblaciones de hermanos completos H5 (139 individuos) y H6 (182 individuos). Se midieron 9 variables cuantitativas de fruta, incluyendo: largo y diámetro de fruto, relación altura-diámetro, peso de fruto, peso de pulpa, espesor de cáscara, sólidos solubles totales, acidez total titulable, peso de 100 semillas y fecha de floración durante tres años (2015, 2016, 2017). Adicionalmente se incluyeron las variables cualitativas: rugosidad de la cáscara, velocidad de oxidación y forma de la base del fruto. Para cada población se realizó un análisis descriptivo, se estimó el nivel de variabilidad entre años y poblaciones, se estimó la heredabilidad de cada variable, así como las correlaciones entre las variables. La identificación de individuos superiores fue realizada mediante la aplicación del índice de suma de clasificación y el índice multiplicativo. Como resultado, ambas poblaciones presentaron un alto nivel de variabilidad fenotípica, consistentes entre los años de evaluación. Las variables de tamaño (largo y diámetro) y peso (fruto y pulpa) de fruto presentaron correlaciones altas y positivas, consistentes entre ambas poblaciones. Las heredabilidad estimadas fueron moderadas a altas para todas las variables y similares para ambas poblaciones, con excepción de la variable sólidos solubles totales. Los índices de selección presentaron altas correlaciones (0,79 y 0,80, para H5 y H6 respectivamente) en el ranking de los individuos. Aplicando ambas metodologías fue posible identificar 8 y 11 individuos para H5 y H6, respectivamente, que se destacan por sus cualidades de calidad de fruta. La gran variabilidad fenotípica encontrada, así como la identificación de materiales con características superiores, representan una valiosa contribución para el mejoramiento de la especie.