El aumento de la población humana ha generado una mayor demanda de alimentos, lo que pone presión en los sistemas agrícolas. El uso excesivo de fungicidas químicos ha sido una respuesta común a las enfermedades producidas por hongos en los cultivos, pero esto ha tenido consecuencias negativas a largo plazo. El control biológico surge como una alternativa sostenible, y respetuosa con el medio ambiente, utilizando microorganismos benéficos para inhibir el crecimiento de patógenos y promover el crecimiento vegetal. En este contexto, Trichoderma es un género especialmente interesante debido a su capacidad para combinar múltiples estrategias de biocontrol. En este estudio se evaluaron dos cepas nativas de Trichoderma spp. (C1 y M2) en su capacidad biocontroladora y promoción del crecimiento vegetal. El análisis molecular demostró que la cepa C1 potencialmente pertenece a la especie Trichoderma atroviride, y si bien mostró capacidad antagónica en cultivos duales, no provocó inhibición en los patógenos por metabolitos difusibles ni volátiles. La cepa M2 se destacó por su capacidad para producir metabolitos hidrosolubles que inhibieron el crecimiento de varios patógenos, especialmente S. rolfsii. Estos resultados respaldan trabajos previos sobre los mecanismos de acción de Trichoderma en el control de patógenos fúngicos. Se realizaron co-cultivos de las cepas con plantas de Arabidopsis thaliana para estudiar su efecto en la morfología y respuesta de las plantas. Ambas cepas mostraron un efecto inhibitorio en el crecimiento de las plantas, con una disminución en el peso fresco y la formación de raíces laterales. Además, se observó una alteración en la arquitectura de la raíz principal y una estimulación del crecimiento de los pelos radiculares. Sin embargo, no se observó un aumento en la expresión de genes inducidos por auxinas en las plantas tratadas. Se plantea la hipótesis de que los metabolitos volátiles producidos por las cepas podrían estar involucrados en el efecto inhibitorio en las plantas. y que la acidificación del medio causada por Trichoderma puede ser un factor clave en la inhibición del crecimiento vegetal. En conclusión, las cepas nativas de Trichoderma spp., especialmente la cepa M2, mostraron un potencial prometedor como agentes de control biológico. Sin embargo, se requieren más investigaciones para comprender los mecanismos involucrados y optimizar su aplicación en cultivos agrícolas.