El virus distemper canino (CDV), un Morbillivirus de la familia Paramyxoviridae, causa una enfermedad multisistémica en cánidos con alta morbilidad y mortalidad a nivel mundial. CDV es el agente causal de una de las enfermedades infecciosas más relevante de los canes, a pesar de existir vacunas como estrategia de prevención y control, como la vacuna viva atenuada cepa Onderstepoort. Se trata de un virus ARN; monocatenario, con amplio rango de huéspedes, cuyo genoma codifica para seis proteínas estructurales y dos no estructurales. Los estudios evolutivos, basados principalmente en el gen de la Hemaglutinina (H) han clasificado las cepas de CDV en linajes, actualmente están descriptos 19 linajes. El grupo de investigación de Genética de Microorganismos desarrolló un sistema basado en múltiplex-PCR-NGS para obtener genomas completos directamente de la muestra biológica. La robustez del sistema y su bajo costo, está permitiendo realizar vigilancia epidemiológica en tiempo real, contribuyendo a una mejor comprensión de la evolución del virus y optimizar las medidas de prevención y control.