El conocimiento de la dinámica de las comunidades de organismos presentes en los cuerpos de agua es de crucial importancia para la comprensión del funcionamiento de los ecosistemas acuáticos, constituyendo una importante herramienta para su manejo, monitoreo y recuperación. Este estudio analizó la estructura de la comunidad de zooplancton y sus variables ambientales condicionantes en los embalses Rincón de Bonete, Baygorria y Palmar (Río Negro). Se realizaron diez muestreos correspondientes a meses de invierno y verano de 2019 y 2020. Se realizó una caracterización física del ambiente mediante perfiles verticales y se colectaron muestras de zooplancton en superficie, medio y fondo de la columna de agua, para observar las variaciones en la estructura vertical de la comunidad. Se registraron rangos amplios de condiciones ambientales y de biovolúmenes de zooplancton, contrastando principalmente entre épocas cálidas y frías. La comunidad se presentó más diversa en épocas cálidas y más equitativa en épocas frías. La temperatura fue la variable ambiental que mejor explicó los cambios observados en la biomasa total de la comunidad zooplanctónica. En la estructura vertical, los cladóceros y copépodos se hallaron principalmente en zonas medias y profundas en la gran mayoría de los muestreos, mientras que los rotíferos se registraron distribuidos sin un patrón definido en la columna de agua. Los embalses de Rincón del Bonete y Palmar sostienen mayores biovolúmenes de zooplancton que el embalse de Baygorria, de menor tamaño. El número de embalses en el país continúa en aumento, se debe seguir generando esfuerzos en la comprensión de estos sistemas y los organismos que lo habitan.