El objetivo del presente trabajo fue estudiar la composición de hongos endófitos en lámina, pecíolo, cáliz, corteza y xilema de pedúnculo y nudo y entre nudo de ramas de Citrus sinensis. El material vegetal fue obtenido en la región centro oeste de Uruguay. Se estudiaron 1600 fragmentos asintomáticos provenientes de diferentes tejidos de Citrus sinensis, mediante esterilización superficial e incubación en placa, para detectar la presencia de hongos endófitos. En total se estudiaron 500 fragmentos de hoja, 200 de pecíolo, 100 de cáliz, 100 de corteza de pedúnculo de fruto, 100 de médula de pedúnculo de fruto, 200 de nudo, 200 de corteza de entre nudo y 200 de médula de entre nudo. En total fueron obtenidos 1150 aislamientos de todos los tejidos analizados, variando desde 574 en hoja hasta 1 en médula de pedúnculo. El género de hongos endófitos más abundante fue Colletotrichum, para el cuál se realizó un estudio taxonómico por separado. Dicho estudio permitió separar 8 grupos morfológicos de los cuales fue identificado C. gloeosporioides, el agente causal de antracnosis de ramas y frutos, como el endófito más común y abundante. En el total de aislamientos, fueron obtenidos 31 taxa diferentes, siendo las especies generalistas las más comunes en tejidos sanos luego de Colletotrichum spp. En las diferentes partes de tejidos fueron obtenidos un total de entre 15 taxa en lámina y 1 sólo taxa en xilema de pedúnculo. Entre los taxa obtenidos, excluyendo Colletotrichum spp., Alternaria spp., Cladosporium spp., Epicoccum purpurascens fueron las especies más comunes aisladas del cáliz y Phoma spp. de corteza de pedúnculo.