Los pastizales templados del Río de la Plata constituyen uno de los biomas más relevantes para la producción agropecuaria y la conservación de la biodiversidad a nivel global. Sin embargo, su intensificación mediante prácticas como la fertilización, la sobresiembra de leguminosas o el reemplazo por pasturas sembradas y cultivos agrícolas ha generado incertidumbre sobre los impactos en el microbioma del suelo, un componente clave para la sostenibilidad de procesos ecosistémicos. En esta tesis se caracterizó de manera exhaustiva la estructura y función de comunidades bacterianas y fúngicas de suelos de campo natural y sus distintas formas de intensificación. Se utilizaron aproximaciones de secuenciación masiva (16S, ITS y metagenómica shotgun) y análisis de redes microbianas para comprender los cambios en diversidad, composición y potencial funcional. Los resultados muestran que la conversión del campo natual en sistemas agrícolas conlleva una pérdida significativa de diversidad fúngica y una alteración en los ensamblajes de comunidades bacterianas, acompañada por una reducción en genes asociados al reciclado de necromasa microbiana y al metabolismo del carbono. En sistemas ganaderos, la fertilización inorgánica del campo natural redujo la conectividad de las redes de correlación entre hongos micorrícicos arbusculares y bacterias, favoreciendo géneros nitrificantes y patógenos, mientras que la sobresiembra de leguminosas (fertilizadas con fósforo) sobre el campo natural y el reemplazo de este por pasturas mostraron efectos menores e intermedios a los de la fertilización. En conjunto, los hallazgos evidencian un gradiente de simplificación ecológica y pérdida de mutualismos microbianos a medida que aumenta la intensificación del uso del suelo. Este trabajo constituye una caracterización exhaustiva del microbioma de campo natural en Uruguay y aporta evidencia sobre cómo las prácticas de manejo modifican la estructura de las comunidades microbianas y las funciones biogeoquímicas del suelo, con implicancias para la resiliencia y el manejo sostenible de los sistemas pastoriles de nuestro país.