En este documento se estudian las diferencias en el comportamiento innovador entre Cooperativas de Trabajo Asociado (CTs) y Empresas Capitalistas (ECs) en Uruguay. Utilizando datos de corte transversal provenientes de la encuesta IECON-ANII-INACOOP esta investigación se enfoca en analizar por intermedio de métodos descriptivos y econométricos cómo la condición de CT afecta la probabilidad de realizar actividades orientadas hacia la innovación. Los resultados muestran que si bien no existen diferencias entre las cooperativas de trabajo y las empresas capitalistas en la realización de actividades de innovación de tipo tecnológicas (que involucran I+D), sí se encuentran diferencias en favor de las CTs en la práctica de actividades de innovación organizacional. De esta forma, las CTs establecerían nuevas y diferentes rutinas a la hora de organizar el trabajo y aporvecharían de manera distinta las habilidades de sus integrantes. Estos resultados se hallan en línea con la literatura sobre cooperativas, las CTs se enfocarían en el desarrollo de aquellas actividades de innovación que involucran la utilización del factor que controlan (trabajo) y que no suponen una fuerte inversión en capital físico. Este trabajo representa una contribución a la escasa literatura internacional en la materia y es el primero de este tipo a nivel agregado para Uruguay.