Los ecosistemas costeros del estuario del Río de la Plata representan zonas de transición altamente productivas, pero vulnerables a la presión antrópica y la variabilidad climática. En el litoral rocoso uruguayo, la macrofauna bentónica desempeña roles ecológicos críticos, actuando como mediadora del acoplamiento bento-pelágico y el reciclaje de nutrientes. Sin embargo, la comprensión de cómo estos ensambles mantienen su integridad funcional frente a disturbios extremos es aún limitada. El objetivo general de este estudio fue evaluar la diversidad taxonómica y funcional de la macrofauna asociada a bancos de mejillones en el intermareal rocoso, analizando la respuesta del sistema bajo distintos niveles de urbanización y variabilidad climática interanual. Para ello, se seleccionaron seis sitios siguiendo el gradiente fluvio-marino (Buceo, Punta Gorda, Atlántida, Playa Verde, Punta del Chileno y Punta del Este), cubriendo las zonas interna y media del estuario. El diseño experimental contempló muestreos en dos períodos contrastantes: marzo de 2023 (bajo la influencia de una sequía extrema prolongada asociada a La Niña) y marzo de 2024 (bajo condiciones de normalización hídrica asociada a El Niño). En cada sitio, se ubicaron UM en las franjas media y baja del intermareal, analizando tanto índices clásicos de diversidad como rasgos biológicos a través de un análisis de rasgos biológicos (BTA por su sigla en inglés), seleccionando seis rasgos: profundidad de penetración, tamaño máximo, modo de alimentación, hábitat, movilidad relativa adulta y tolerancia a la polución. Los resultados revelaron que la estructura comunitaria está regida por una jerarquía de filtros ambientales. El clima (ENSO) actuó como forzante de primer orden: en 2023, la alta salinidad y el estrés térmico sugieren una pérdida masiva de los bancos de mejillones, eliminando los "legados estructurales" esenciales para la macrofauna intersticial, lo que derivó en comunidades empobrecidas. En contraste, 2024 mostró una rápida recuperación liderada por la recolonización de bivalvos bioingenieros (Brachidontes darwinianus, B. rodriguezii). La diversidad y riqueza aumentan con la presencia de estos bivalvos, aunque el sistema muestra un punto de saturación en densidades extremas, donde la facilitación disminuye. Desde un enfoque funcional, se capturó un recambio significativo en las estrategias de vida. El sistema transicionó de un estado dominado por rasgos oportunistas (Capitella capitata) en 2023, hacia un ensamble con mayor redundancia de rasgos tolerantes y una ocupación más compleja de la matriz biológica en 2024. Este "seguro funcional" sugiere la restauración de las capacidades funcionales asociadas a la bioturbación y al procesamiento de materia orgánica, inferidas a partir de la composición de rasgos del ensamble. Esto indicaría que la recuperación del espacio físico provisto por los bioingenieros es un factor determinante para el restablecimiento de la estabilidad funcional del ecosistema. El Índice de Urbanización se identificó como un forzante secundario que modula la resiliencia local. Se caracterizó un "doble filtro" en sectores de alta presión antrópica (Buceo), donde la intervención humana limita la capacidad de auto-organización de las comunidades, asociándose a una recuperación más lenta en comparación con sitios menos intervenidos (Atlántida). En conjunto, los resultados señalan que la estabilidad del ecosistema depende de la sinergia entre los pulsos climáticos regionales y la integridad ecológica local, siendo fundamental la preservación de los bioingenieros frente a eventos climáticos adversos. A futuro, la continuidad de este monitoreo, mediante series temporales más amplias, podría contribuir a una mejor comprensión de la resiliencia del sistema ante escenarios de cambio climático.