Los alimentos transgénicos son aquellos que contienen organismos genéticamente modificados (OGM) o han sido producidos a partir de ellos. Se entiende por OGM, cualquier planta, animal o microorganismo que ha sido modificado por técnicas de ingeniería genética, con el fin de lograr alguna característica de utilidad. Los alimentos transgénicos están hoy en día, ampliamente distribuidos en la industria. La incorporación de este tipo de alimentos a la dieta, ha llevado a muchos países a introducir legislaciones específicas para controlar su producción y comercialización. Ya hace varios años se han aprobado diversas normas que imponen la obligación de identificar los OGM a través de leyendas en el rótulo o bien mediante la exhibición de listas de esos productos. En Uruguay, el uso de transgénicos se encuentra regulado por normas específicas, siendo el Gabinete Nacional de Bioseguridad el órgano encargado de su regulación, a través del cual se canalizan las solicitudes de autorización y cuyo objetivo es evitar los riesgos para la salud humana y la conservación del medio ambiente. A nivel departamental, La Junta Departamental de Montevideo, aprobó en el año 2013 el decreto Nº 34.901 y posteriores modificaciones, donde se establece la obligatoriedad de etiquetado para aquellos alimentos que contengan OGM a concentraciones superiores al 1 %, considerando cada especie vegetal de forma individual. El Laboratorio de Bromatología de la Intendencia de Montevideo es el responsable de realizar los controles de fiscalización mediante técnicas de PCR basadas en normas validadas internacionalmente. El objetivo del presente trabajo fue realizar la búsqueda de secuencias moleculares de transgenes en alimento comercializados en Uruguay, con fines a dar cumplimiento a la reglamentación departamental vigente. Para ello se analizaron 100 muestras provenientes de diferentes alimentos, que el laboratorio extrajo como parte de su plan anual de muestreo. Las mismas fueron procesadas y analizadas por PCR en tiempo real para la detección e identificación del material transgénico presente. Con los datos de las secuencias obtenidas, se realizó un análisis estadístico para evaluar la asociación de la presencia de transgénicos con el tipo de matriz, el país de origen y el tipo de procesamiento del alimento. Posteriormente se realizó una comparación con los resultados obtenidos en los cinco años anteriores de análisis del laboratorio, con el objetivo de identificar cambios que pudieran ser atribuidos a la implementación y fiscalización del etiquetado.