Los productos lácteos deshidratados versátiles permiten procesar el excedente de leche fluida. Las esporas son estructuras de resistencia bacteriana naturalmente presentes en leche cruda, que soportan altas temperaturas y deshidratación. Al germinar pueden liberar enzimas o toxinas, produciendo interferencia en procesos y cambios en la percepción sensorial del producto, siendo causa de atención en el sector lácteo. Este trabajo busca identificar, determinar frecuencia y potencial de deterioro de microorganismos esporulados presentes en líneas de producción de leche en polvo entera (LPE). Se realizaron cuatro muestreos trimestrales en 4 puntos del proceso de secado de leche. Los esporulados mesófilos y termófilos aerobios y anaerobios se obtuvieron a partir de incubación en PCA a 37 °C y 55 °C, respectivamente; se identificaron por secuenciación (PCR 16s) y se determinó el perfil de cepas (RAPD-PCR). La presencia de actividades enzimáticas lipolítica (PCA-tributilina), lecitinasa (PCA-yema de huevo), proteolítica (PCA-leche) y β-galactosidasa (BHI/X-gal/IPTG) se evaluó cualitativamente. El recuento de esporas mesófilas (EAM) fue constante a lo largo del proceso, mientras que el de termófilas (EAT) aumentó hacia el final. Todos los aislamientos presentaron al menos 1 actividad enzimática, predominando la proteolítica y lecitinolítica. De los 469 aislamientos obtenidos se han identificado 111 integrados por 20 especies, pertenecientes a dos muestreos. Las especies más frecuentes fueron Bacillus licheniformis (65.8 %), B. pumilus (6.3 %), B. aerius (5.4 %) y B. subtilis (2.7 %). De las 16 especies restantes, les siguen en frecuencia B. safensis y B. amyloliquefaciens (3.6 % y 1.8 %, respectivamente). Para la especie más abundante, B. licheniformis, se realizó un perfil de cepas. B. licheniformis es mesófilo y termófilo facultativo; su capacidad para formar biopelículas y producir enzimas hidrolíticas la ubica como una de las candidatas principales para futuros estudios tendientes a minimizar su presencia en el proceso de producción de LPE.