Las membranas duodenales representan una variedad de atresia intestinal congénita que determina obstrucción intestinal, pudiendo ser completa o incompleta. Se trata de una entidad de baja prevalencia. Cuando las membranas son fenestradas y la obstrucción intestinal incompleta, el pasaje inicial de líquidos durante la lactancia exclusiva puede asociarse con manifestaciones tardías y retraso en el diagnóstico. Se describe el caso de una niña, con un buen crecimiento durante la lactancia exclusiva, que presentó una desnutrición crónica como manifestación tardía de una membrana duodenal congénita fenestrada. Los estudios primarios realizados buscando la etiología de la desnutrición al inicio del cuadro resultaron sin alteraciones, arribándose al diagnóstico a los 13 meses de edad debido a un episodio de oclusión intestinal. El objetivo es alertar al pediatra sobre una causa poco frecuente de desnutrición luego del primer semestre de vida y analizar su abordaje diagnóstico y terapéutico.