Las zoonosis virales emergentes son causa de enfermedades severas en la población humana y constituyen un desafío para la salud, la vida silvestre y la pecuaria, en las que pueden causar grandes pérdidas. Los murciélagos, por su amplia distribución, características y hábitos de vida pueden favorecer la adquisición y dispersión de virus. Se los ha reconocido como reservorio del rhabdovirus, coronavirus y filovirus y se les ha involucrado en el ciclo biológico de varios arbovirus. El objetivo de este proyecto fue avanzar en el conocimiento de las poblaciones virales en murciélagos del Uruguay, enfocándonos en virus emergentes y avanzar en la utilización de la diversidad de virus prevalentes como los herpesvirus (Hv), como indicadores de movimientos poblacionales de los murciélagos. Identificamos por primera vez la presencia de Alfacoronavirus en murciélagos del Uruguay, en un ejemplar de Molossus molossus. Avanzamos en el conocimiento de los alfavirus encefalíticos, en particular los virus Río Negro (RNV) y encefalitis equina del este (EEEV). RNV se detectó en murciélagos de 7 especies insectívoras y una hematófaga, mostrando una amplia distribución en el territorio nacional. El virus EEEV, con una distribución más restringida está presente en dos especies insectívoras. Se identificó RNV en una nueva especie de mosquito. Se observó una alta prevalencia y amplia distribución geográfica de gamma y betaherpesvirus, algunos identificados en nuevas especies de murciélagos. El análisis filogenético de la ADNpol viral mostró una asociación especie específica para ciertos Hv, mientras que otros se agruparon fundamentalmente por factores ecológicos. El análisis comparativo de los marcadores ADNpol y glicoproteina B, indicó que la ADNpol es más informativa en Hv de D. rotundus, mientras que la glicoproteína B resultó más informativa en los Hv de murciélagos insectívoros. Se realizó el primer estudio longitudinal de seguimiento de individuos recapturados, donde analizamos la diversidad de Hv en vampiros (D. rotundus). Esta investigación constituye un aporte al conocimiento de la diversidad y la dinámica espaciotemporal de la circulación viral, con aplicaciones para la conservación y manejo de poblaciones de murciélagos del Uruguay.