Para el Sistema Acuífero Salto Arapey, donde se encuentra el arroyo San Antonio, se realizó un registro sedimentario para determinar la meteorización y evolución diagenética y de proveniencia mediante petrografía y geoquímica. Se realizó un mapeo geológico de superficie y una caracterización geofísica empleando varias técnicas. A partir de la información disponible se elaboró un mapa de suelos y de uso de los mismos. Mediante Geomática se procesaron imágenes satelitales para obtener el número de presas e invernaderos para evaluar el grado de formalismo en cuanto a permisos de aprovechamientos. Se realizaron 2 ensayos de bombeo y se procesaron 8 de OSE. Se instrumentó el área con 14 pluviografos, sensores de nivel en 20 pozos y 6 puntos en el arroyo, y en 3 de estos se desarrollaron curvas de aforo. Se registró información para el periodo 2018-2020. Se realizaron 2 campañas de muestreo para análisis fisicoquímico y microbiológico en 20 pozos y 6 puntos del arroyo. A partir de los relevamientos geológicos y geofísicos realizados, y de descripción geológica de perforaciones se construyó un modelo geológico 3D con el programa GMS, donde también se desarrolló un modelo hidrogeológico en MODEFLOW. Para el arroyo se desarrolló un modelo con el algoritmo HBV en la plataforma WFLOW. Ambos modelos presentaron un muy buen ajuste. Se detectó contaminación microbiológica y altos niveles de fósforo y nitrato en el arroyo y en algunos pozos, y niveles de arsénico por encima de 10 ug/L en pozos. A partir del modelo hidrológico se desarrolló una aplicación para obtener curvas de duración del flujo en cualquier punto del arroyo. Los modelos hidrológicos e hidrogeológicos muestran una importante conectividad entre el sistema acuífero y el arroyo. Mediante el modelo hidrogeológico se evaluaron escenarios de sobre explotación y se valoró su influencia en las descargas hacia el arroyo.