La caracterización genómica de un patógeno resulta fundamental para conocer su origen, sus rutas de migración, su variabilidad genética y el ajuste de los planes de control sanitarios. En el presente proyecto se desarrolló una metodología robusta, rápida y de bajo costo basada en multiplex-PCR acoplado a secuenciación masiva para la obtención de genomas completos del parvovirus canino (CPV) y el virus distemper canino (CDV). Estos virus son los principales patógenos en canes domésticos y constituyen una amenaza para la fauna silvestre. Durante el proyecto obtuvimos 144 genomas completos de CPV de 7 países Latinoamericanos. El sistema fue eficaz para todas las variantes antigénicas conocidas (CPV-2a, CPV-2b y CPV-2c), para la variante original (CPV-2), para panleukopenia felina y eficaz en huéspedes caninos y felinos. Los análisis filogenéticos/filodinámicos revelan la diversificación del linaje CPV-2a en 7 clados evolutivos. La población sudamericana de CPV presenta diferentes patrones de evolución. Uruguay, Argentina y Chile presentan una población más homogénea, mientras que Brasil, Ecuador y Perú presentaron mayor heterogeneidad. El análisis de co-infectantes/recombinantes reveló la detección de eventos esporádicos en Uruguay, Argentina y Ecuador. En cuanto a CDV, su gran variabilidad significó un desafío en la puesta a punta, sin embargo, obtuvimos 16 genomas casi completos (coberturas genómicas entre 92-100%) de 4 países Latinoamericanos. Los cuatro linajes circulantes en Sudamérica (EU1/SA1, SA2, SA3, NA4/SA4) surgen de eventos migratorios independientes de Norteamérica y Europa. Las cepas norteamericanas colonizaron el norte de Sudamérica vía Ecuador, Colombia y Perú (SA3 y NA4/SA4). La entrada y expansión en el sur de Sudamérica (Argentina, Brasil, Chile y Uruguay) ocurrió por tres migraciones independientes originando los linajes EU1/SA1 y SA2. El método desarrollado nos permitirá llevar adelante un sistema de vigilancia genómica en tiempo real que será transferida a otros laboratorios contribuyendo significativamente al análisis evolutivo de ambos virus.