El filo Chloroflexota es uno de los grupos predominantes en sistemas de tratamiento de aguas residuales. Sin embargo, su rol permanece desconocido debido a que son difíciles de aislar en cultivo puro. La ventaja de poder aislar estos microorganismos es que se puede determinar de qué se alimentan. A partir de las 14 especies aisladas, se sabe que pueden consumir carbohidratos y aminoácidos, y que crecen muy lento. Se presentan en forma de largos filamentos por lo que podrían tener un rol importante en los reactores ayudando a sedimentar la biomasa dentro del sistema. Sin embargo, su sobrecrecimiento causa graves problemas operacionales. Las causas que generan este sobrecrecimiento aún no se conocen debido a que son difíciles de aislar. En este proyecto se reconstruyeron genomas de especies de Chloroflexota en 4 sistemas de tratamiento de aguas industriales y se estudiaron que vías metabólicas estaban activas mediante técnicas de biología molecular de avanzada. Se obtuvieron 18 genomas de especies nuevas de Chloroflexota capaces de degradar glucosa, celulosa y aminoácidos. También se observó que tienen propiedades de adhesión por lo que ayudan a formar agrupaciones de microorganismos en estos sistemas. Pudimos determinar que Chloroflexota tiene un rol principal en la eliminación de la materia orgánica en sistemas de tratamiento de aguas residuales, y colaboran de forma fundamental en la formación de flóculos en sistemas aerobios. A partir de este trabajo se generó conocimiento sobre un grupo de microorganismos no cultivables de gran importancia en sistemas de tratamiento de aguas residuales.