Se estudió el desempeño de un panel de 89 marcadores del tipo polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) para la exclusión de paternidad en poblaciones de ovinos Corriedale y Merino del Uruguay. El valor de la menor frecuencia alélica (MAF) de los marcadores varió entre 0.05 y 0.5 en la raza Corriedale y 0.08 y 0.5 para Merino. Se lograron valores altos de probabilidad de exclusión (0.9999) de ambos padres y con un padre conocido usando menos de 50 marcadores. Cuando se cuenta solamente con un posible genotipo paterno y sin información de la madre, que es el caso más común de exclusión de paternidad, se alcanzó un valor de 0.9999 de probabilidad, utilizando la totalidad de marcadores del panel en los animales Merino pero sólo fue posible llegar a 0.9998 en la raza Corriedale. Estos resultados sugieren que el panel puede resultar de utilidad en las poblaciones Corriedale y Merino. Sin embargo, en casos específicos de poblaciones muy emparentadas (situación frecuente en cabañas) puede ser insuficiente, razón por la cual se propone el desarrollo de un panel de SNP para excluir paternidades en situaciones más complejas.