Anotaciones Chip Axiom Arachis 48K

Naya Rodriguez, Ignacio

Resumen:

Datos suplementarios asociados a la tesis de maestría "Buscando el maní perdido: estudio de la diversidad genética y estado de conservación de Arachis hypogaea en Uruguay": Identificación de anotaciones asociadas al chip "Axiom Arachis 2" (48K). Para identificar las anotaciones asociadas al chip se tomaron las secuencias flanqueantes relativas a cada uno de los SNPs (disponibles a partir de Clevenger et al., 2018). A partir de estas secuencias se hizo un blast usando como “target” al genoma de Arachis ipaënsis (GCF_000816755.2_Araip1.1 del National Center for Biotechnology Information (NCBI), para los SNPs que fueron obtenidos a partir de A. ipaënsis, genomio B) y al genoma de A. duranensis (GCF_000817695.2_Aradu1.1 del NCBI, para los SNPs que fueron obtenidos a partir de A. duranensis, genomio A). Luego de realizar un filtrado de acuerdo al largo de secuencia (>68 nucleótidos) y porcentaje de coincidencias (>98%), se obtuvieron las posiciones de cada una de las coincidencias (a las regiones flanqueantes) en los respectivos genomas. A partir de estas posiciones se hizo una búsqueda de las anotaciones en el archivo de anotación de cada genoma.


Detalles Bibliográficos
2024
Agencia Nacional de Investigación e Innovación
Programa de Desarrollo de las Ciencias Básicas
Comisión Sectorial de Investigación Científica
University of Georgia (Estados Unidos)
SNPs
Recursos Genéticos
Genomio
Ciencias Agrícolas
Otras Ciencias Agrícolas
Inglés
Agencia Nacional de Investigación e Innovación
REDI
https://hdl.handle.net/20.500.12381/3383
Acceso embargado
Reconocimiento-NoComercial-SinObraDerivada 4.0 Internacional. (CC BY-NC-ND)
Resumen:
Sumario:Datos suplementarios asociados a la tesis de maestría "Buscando el maní perdido: estudio de la diversidad genética y estado de conservación de Arachis hypogaea en Uruguay": Identificación de anotaciones asociadas al chip "Axiom Arachis 2" (48K). Para identificar las anotaciones asociadas al chip se tomaron las secuencias flanqueantes relativas a cada uno de los SNPs (disponibles a partir de Clevenger et al., 2018). A partir de estas secuencias se hizo un blast usando como “target” al genoma de Arachis ipaënsis (GCF_000816755.2_Araip1.1 del National Center for Biotechnology Information (NCBI), para los SNPs que fueron obtenidos a partir de A. ipaënsis, genomio B) y al genoma de A. duranensis (GCF_000817695.2_Aradu1.1 del NCBI, para los SNPs que fueron obtenidos a partir de A. duranensis, genomio A). Luego de realizar un filtrado de acuerdo al largo de secuencia (>68 nucleótidos) y porcentaje de coincidencias (>98%), se obtuvieron las posiciones de cada una de las coincidencias (a las regiones flanqueantes) en los respectivos genomas. A partir de estas posiciones se hizo una búsqueda de las anotaciones en el archivo de anotación de cada genoma.