El empiema pleural es una complicación grave presente en 10-15% de los niños hospitalizados por neumonia aguda comunitaria (NAC). En Uruguay la vacunación universal con vacunas conjugadas para Haemophilus influenzae tipo b y neumococo determinó cambios epidemiológicos y disminución significativa de las hospitalizaciones por NAC y empiema. Aun así, S. pneumoniae sigue siendo el patógeno más frecuente de neumonía bacteriana y empiema. Los cultivos de sangre y/o líquido pleural logran aislar el agente en menos del 40 % de los casos, pero la disponibilidad de técnicas de detección de ácidos nucleicos ha permitido mejorar este rendimiento. El objetivo de este trabajo fue mejorar el diagnóstico etiológico mediante la incorporación de técnicas de detección de ácidos nucleicos para poder realizar una adecuada vigilancia epidemiológica, clínica y microbiológica de los casos de empiema pleural en niños. Metodología. Se incluyeron 249 niños con diagnóstico de empiema pleural entre 2015 y 2022, de los cuales contábamos con alícuota de líquido pleural congelado en 126. Se aplicaron técnicas de PCR para la detección de los agentes bacterianos más frecuentes y para la serotipificación de neumococo directamente sobre muestras de líquido pleural. Se registraron variables clínicas, estado vacunal y resultados microbiológicos de los estudios convencionales realizados a estas muestras. Resultados. Logramos aumentar el diagnóstico etiológico de 18 a 64% de los pacientes mediante la aplicación de técnicas moleculares y detección de antígenos capsulares. Los principales agentes detectados tanto por cultivo como por PCR fueron S. pneumoniae, H. influenzae, S. pyogenes y S. aureus. Mediante cultivo y serotipificación por Quellung logramos tipificar 17 aislamiento de neumococo. Mediante PCR y secuenciación del gen cpsB logramos serotipificar 50 aislamientos más de neumococo. Los serotipos más frecuentes fueron el 3, 1 y 19A; correspondiendo en su totalidad a 58 serotipos vacunales (de los cuales 9 niños estaban no vacunados o incorrectamente vacunados) y 9 serotipo no vacunales. No se encontraron diferencias en cuanto a complicaciones entre el serotipo 3 y el resto de los serotipos. Conclusiones: La aplicación de técnicas moleculares permitió aumentar significativamente el porcentaje de diagnósticos etiológicos y serotipos de S.pneumoniae en empiemas pleurales.