Se presenta evidencia de que las mujeres investigadoras tienen una probabilidad de 7,1 puntos porcentuales menor de ser aceptadas en el programa nacional de apoyo a la investigación en Uruguay, en comparación con los hombres. Las mujeres presentan también menor productividad en investigación que sus pares masculinos siendo la brecha de género más amplia en los niveles más altos del programa, de acuerdo con la existencia de un techo de cristal. Se presentan tres hipótesis para la brecha de género (un pecado original en la organización del sistema, sesgos en la composición de los comités de evaluación y diferencias en el campo de concentración), hallándose evidencia para cada una de ellas. Los techos de cristal son más fuertes en los campos donde las mujeres están sobrerrepresentadas entre los aspirantes al sistema: ciencias médicas, ciencias naturales y humanidades. Finalmente, se presenta una distribución contrafactual del programa en ausencia de un tratamiento discriminatorio de las mujeres y se discuten los costos económicos de la brecha de género