El objetivo de este trabajo es comparar la microbiota fecal de cerdos de diferentes razas y criados en distintas condiciones. Se caracterizó la microbiota fecal de cerdos cruzas con fines comerciales criados en campo abierto, cerdos Pampa Rocha criados en confinamiento y cerdos Pampa Rocha criados a campo abierto. Para ello, se realizó la secuenciación masiva de parte del gen ARNr 16S región V4. Se identificaron varios taxones bacterianos, siendo Streptococcus el género más abundante en tres muestras de Pampa Rocha criados en confinamiento. Sin embargo, este género se encontró poco representado en el resto de las muestras. Este género se divide en 104 especies reconocidas y su interacción con el huésped puede ser comensal o patógena, pudiendo estar afectando la salud del animal. Además, se evaluó la resistencia a antibióticos mediante técnicas dependientes e independientes de cultivo. Se realizó PCR tiempo final de los genes tetG, tetM, nptII, nptIII, ermB, sul1, aac6, blaTEM, blaSHV, blaOXA, qnrA, qnrB, qnrS y de un elemento genético int1, empleando como templado el ADN total purificado de cada muestra. Complementariamente, se aislaron 96 bacterias por muestra y se evaluó el fenotipo de resistencia a los antibióticos Kanamicina, Eritromicina, Trimetoprim, Ampicilina y Tetraciclina. Se logró determinar que una proporción significativa de los aislamientos de fecas de cerdos cruza con fines comerciales, exhiben resistencia a varios antibióticos. Los resultados sugieren que se debería profundizar en la investigación sobre los modos de producción de este tipo de animales y la resistencia a drogas, para decidir sobre el control del uso de antibióticos en animales para consumo humano.