La producción de Eucalyptus constituye uno de los pilares del sector forestal uruguayo, aunque su desarrollo se ve afectado por enfermedades radiculares causadas por hongos del género Calonectria. Entre ellas, la pudrición radicular representa una de las principales amenazas para la producción de plantas en vivero. Diversos estudios han señalado el potencial de microorganismos antagonistas como alternativa sostenible para el control de estos patógenos. En este contexto, el presente trabajo tuvo como objetivo evaluar la capacidad de cepas de Trichoderma spp. para controlar la pudrición radicular causada por Calonectria spp. en Eucalyptus dunnii bajo condiciones de invernáculo. Inicialmente, se caracterizó la patogenicidad de 15 aislamientos de Calonectria spp. procedentes de viveros y campos forestales de Uruguay. Los ensayos revelaron diferencias significativas en la agresividad de los aislados, alcanzando los más virulentos niveles de mortalidad cercanos al 40%. Asimismo, mediante análisis filogenéticos basados en cuatro marcadores génicos, se identificaron aislamientos pertenecientes a Calonectria pauciramosa y otros agrupados dentro del complejo Calonectria cylindrospora. Posteriormente, se seleccionó uno de los aislados más agresivos para evaluar el efecto biocontrolador de tres cepas de Trichoderma spp. Los resultados mostraron una reducción significativa de la incidencia de la enfermedad, con disminuciones de mortalidad de hasta un 82%, además de observarse efectos favorables sobre el crecimiento vegetal. Finalmente, el análisis genómico de una cepa promisoria de Trichoderma asperelloides permitió identificar genes vinculados a mecanismos de biocontrol, incluyendo enzimas CAZymes y clústeres biosintéticos de metabolitos secundarios antifúngicos. En conjunto, los resultados respaldan el uso de Trichoderma spp. como una herramienta eficaz para el manejo integrado de la pudrición radicular en viveros forestales.