El agente patógeo clostridium perfringens tipo D es el agente causal de varias enfermedades veterinarias, incluyendo enterotoxemias causadas por la toxina épsilon (ETX). Clostridium botulinum tipo C y D producen las neurotoxinas botulínicas tipo C (BoNT/C) y tipo D (BoNT/D) respectivamente, causantes del botulismo en animales. La principal medida de control para estas toxinas es la vacunación. La producción de las vacunas clostridiales se realiza por fermentación utilizando microorganismos del género Clostridium. Se obtienen las toxinas que serán purificadas, inactivadas e incluidas en la formulación. Esta metodología presenta la desventaja de la obtención de títulos tóxicos variables entre lotes, dificultando la producción industrial. Las tres toxinas mencionadas se encuentran codificadas en elementos extracromosómicos, en la forma de plásmidos para el gen etx y profagos para los genes bont/C y bont/D. En este trabajo se utilizó un método de cuantificación por qPCR de los genes codificantes para estas toxinas, además de una cuantificación relativa entre los genes de interés y el gen 16S para evaluar la estabilidad. Se obtuvieron curvas estándar para fragmentos de los distintos genes con una eficiencia de al menos 98 % en la amplificación. Se validó esta metodología de cuantificación utilizando diluciones de muestras de cultivos de los microorganismos. Se analizaron muestras de distintos puntos del proceso upstream industrial para la generación de los antígenos clostridiales ETX, BoNT/C y BoNT/D determinándose que para C. perfringens tipo D no parecería haber una disminución de la concentración plasmídica a lo largo del proceso. Se propone que las variaciones en la concentración de los genes codificantes para las BoNTs a lo largo de las distintas etapas podrían contribuir a las fluctuaciones observadas en el título tóxico entre lotes.