El siguiente trabajo final de carrera presenta el desarrollo de un sistema integrado de detección de Microcystis aeruginosa por qPCR y de detección y cuantificación de microcistina-LR por UHPLC. Para ello se estableció un método de crecimiento in vitro y un método de conservación para Microcystis aeruginosa a partir de muestras de agua. Se determinó un método de extracción de su ADN. Para la detección de cianobacterias del género Microcystis se eligieron los genes blanco mcyE y ARNr 16S, y se diseñaron y seleccionaron in sílico cebadores específicos para estos. Se puso a punto y se validó la detección de los genes blanco por la técnica de qPCR, a partir de la cual se detectó Microcystis aeruginosa en muestras de agua de playa y se logró determinar el número de células totales. La identidad de los genes fue confirmada por secuenciación. Por otro lado, se diseñó una metodología de UHPLC-UV para la detección de microcistina-LR. Se estudiaron condiciones para su manipulación y almacenamiento. Se realizó una curva estándar de microcistina-LR y se detectó la toxina en muestras de agua de playa suplementadas. De esta manera, la técnica de qPCR se presenta como una valiosa herramienta de screening que permite identificar muestras potencialmente toxigénicas, que, en caso de ser positivas, pueden luego ser analizadas por UHPLC para la detección y cuantificación de microcistina-LR.