El presente proyecto surgió a partir de la colaboración entre el Laboratorio de Biotecnología de la Universidad ORT y el Establecimiento Juanicó, el cual cuenta en su planta de tratamiento de efluentes con ocho humedales artificiales. El objetivo del presente trabajo fue el estudio de comunidades bacterianas presentes en estos humedales, presumiblemente responsables de la remoción del nitrógeno en cada efluente por medio de los procesos de nitrificación y desnitrificación. Los genes nitrificantes estudiados fueron el ARNr 16S de Nitrobacter, ARNr 16S de Nitrospira y amoA, mientras que los genes desnitrificantes estudiados fueron nirS, nirK y nosZ. La detección y estudio de la estructura y diversidad de estas comunidades fue realizada mediante las técnicas de PCR y T-RFLP, respectivamente. Los resultados obtenidos permitieron confirmar la presencia de estas comunidades en los humedales, siendo encontrados todos los genes estudiados a excepción del gen nirK. También se pudo correlacionar la diversidad presentada por las comunidades a elementos como la composición del efluente y la vegetación presente.