La industria vitivinícola genera grandes cantidades de aguas residuales, provenientes principalmente de las diferentes operaciones de lavado. Las mismas contienen altas concentraciones de materia orgánica y, en menor medida, de ácidos orgánicos, azúcares y alcoholes. El tratamiento de las aguas como paso previo a la liberación en cursos naturales es imperante. El presente trabajo se centra en el estudio de la microbiología de la Laguna de Ecualización y Aireación (LEA) y de la Laguna de Aireación y Permanencia (LAP) del Establecimiento Joanicó. Más específicamente, se estudiaron las comunidades de bacterias del filo Chloroflexi, de bacterias del ciclo del nitrógeno y de arqueas. Para tal fin, se utilizaron tres técnicas moleculares: T-RFLP, qPCR y pirosecuenciación. Por otro lado, se diseñaron y operaron dos reactores a escala laboratorio de lodos activados, con muestras provenientes del Establecimiento. Finalmente, se realizaron estudios para la valorización del residuo secundario del vino conocido como borra, los cuales aportaron datos muy interesantes para una posible futura valorización de dicho desecho.