Toxoplasma gondii, agente causal de la toxoplasmosis, infecta animales y humanos causando graves problemas de salud. Si es transmitido durante el embarazo puede causar toxoplasmosis congénita o pérdida fetal. En Uruguay, más del 50% de las mujeres embarazadas son portadoras crónicas del parásito; también es prevalente en ovinos. En el presente trabajo final de carrera se planteó desarrollar herramientas para enriquecer el material genético mitocondrial de T. gondii y posibilitar su estudio a nivel genómico. Como primer objetivo se plantea generar una línea reportera que permitiera el aislamiento de la mitocondria. Se comenzó con una nucleofección de la línea parasitaria ME49 con un plásmido de expresión de una proteína mitocondrial fluorescente, que permite una rápida identificación de la mitocondria bajo un microscopio de epifluorescencia. Se infiere que la nucleofección fue exitosa por la resistencia al antibiótico administrado, pero no se observó fluorescencia en el citómetro de flujo; no se logró obtener la línea de T. gondii de mitocondrias fluorescentes. Por otro lado, se planteó optimizar un protocolo de enriquecimiento de mitocondrias por fraccionamiento subcelular. Primero se evaluó la utilidad de una línea celular de T. gondii con ensayos analíticos de biología molecular. Esta línea se sometió al protocolo de purificación de mitocondrias con el objetivo de optimizarlo para evaluar la variabilidad genética de cuatro poblaciones clonales. Se obtuvieron fracciones subcelulares, de las cuales se identificaron aquellas enriquecidas en mitocondrias mediante ensayos de Western blot. De las fracciones enriquecidas, se purificó el ADN mitocondrial y se comprobó su enriquecimiento relativo respecto al ADN nuclear con una PCR semicuantitativa. Mediante una secuenciación por ONT se realizó un análisis preliminar de secuencias de genoma mitocondrial y se confirmó el enriquecimiento de material genómico mitocondrial.