La contaminación fecal es uno de los principales problemas de calidad del agua dulce a nivel mundial. Una de las soluciones propuestas para este problema es el tratamiento de los efluentes a nivel doméstico o local con preparados biológicos tales como los microorganismos efectivos nativos (MEN). En este trabajo se evaluó la eficacia de un preparado de MEN producido en Uruguay para disminuir la contaminación fecal en efluentes domésticos. Para ello se realizaron experimentos a distintas escalas: desde in vitro hasta en pozos sépticos de viviendas y un tramo del arroyo Malvín (in situ), combinando preparado líquido con sólido y empleando a los coliformes fecales (CF) y la materia orgánica particulada como indicadores del rendimiento. En el laboratorio y en los pozos sépticos, los CF disminuyeron significativamente luego de 8 semanas de aplicación. En el arroyo Malvín se observó una disminución de los CF y una recuperación visual del curso de agua, con un aumento de la transparencia y el oxígeno disuelto. Los resultados de este trabajo sugieren que la aplicación de MEN en aguas residuales domiciliarias constituye una aproximación promisoria para reducir la contaminación fecal de los efluentes domésticos y enfatizan la necesidad de cambiar los hábitos de construcción de los pozos sépticos.